إن تغير البنية الفراغية قد يكون بعدة أشكال و صور حسب نوع التأثير ( pH أو الحرارة ) و حسب نوع الروابط التي يتم تكسيرها مما يغير من البنية الفراغية للإنزيم و بالتالي شكل الموقع الفعال و منه فمهما كان نمط التغير سوف يؤدي حتمًا إلى نفس النتيجة و هي فقدان نشاط الإنزيم .